Responsable de l’équipe iRiBio, Hervé Seznec se consacre au développement et à la mise en œuvre de méthodes physiques à partir de microfaisceaux d’ions afin de répondre à des problématiques fondamentales et appliquées dans le domaine des sciences du vivant. Les méthodologies proposées sont multi-modales et multi-échelles car elles visent à obtenir des données biologiques qualitatives, quantitatives, dynamiques et en temps réel tant à l’échelle de la molécule que de le cellule, de l’individu et des populations.

Dans le cadre des programmes de recherche interdisciplinaire du groupe iRiBio, Philippe Barberet se consacre au développement d’outils expérimentaux (microfaisceaux d’ions) et numériques (simulations Monte-Carlo) issus de l’instrumentation nucléaire et appliqués aux recherches en sciences du Vivant. Physicien de formation, P. Barberet a rejoint l’équipe en 2006 après un doctorat au CENBG (2000-2003) et deux ans de post-doctorat à la GSI Darmstadt en Allemagne (2004-2006). P. Barberet s’investit tout particulièrement dans le développement des lignes de faisceau focalisées de la plateforme AIFIRA. Ces méthodes expérimentales de micro-irradiation ciblée et de micro-analyse élémentaire sont utilisées pour caractériser les réponses biologiques radio-induites à l’échelle cellulaire et l’impact de l’exposition à des nanoparticules d’oxydes métalliques sur le vivant.

Microfaisceaux d’ions, accélérateurs, instrumentation nucléaire, microscopie, micro-analyse élémentaire, simulations Monte-Carlo (Geant4)

Responsable du cursus Master en ingénierie “Physique : rayonnements et instrumentation”

Titulaire d’un Master en Bioinformatique de l’Université de Rennes 1, Pierre Beaudier a rejoint l’équipe iRiBio en Octobre 2019 pour un doctorat en Bioinformatique dans le cadre du projet Radiance portant sur l’étude des conséquences biologiques radio-induites sur le métabolisme ARN chez Caenorhabditis elegans. Son travail consiste à développer des outils informatiques afin de traiter et analyser les données de séquençage produites. Au travers de l’identification de potentielles différences d’expression transcriptomique entre nématodes irradiés et non-irradiés pour différentes échelles de dose, son travail de recherche doit permettre d’améliorer notre compréhension des mécanismes biologiques induits par des faibles doses d’irradiation.

Le proget RADIANCe est un projet lauréat de l’AAP CNRS 80 | Prime 2018 financé par la Mission pour les initiatives transverses et interdisciplinaires (MITI).

• Analyse cellulaire et microscopie par faisceaux d’ions PIXE, STIM, RBS
• Méthodes de cryofixation pour l’analyse élémentaire
• Imagerie chimique par µ-fluorescence X et rayonnement synchrotron
• Spéciation des éléments chimiques XANES, EXAFS
• Microscopies à épi-fluorescence et microscopie confocale
• Analyse statistique des données

• Formation universitaire en sciences des matériaux, d’abord à l’université de Paris XI (DUT Mesures physiques option Matériaux) puis à l’université de Poitiers (Master en Génie des matériaux), avec une spécialisation en Analyse microstructurales des Matériaux (Univ. Poitiers).
• Titulaire d’un doctorat de chimie analytique (Université de Bordeaux) sur l’imagerie et l’analyse quantitative cellulaire par micro-faisceau d’ions.

• Extension de Geant4 dans le cadre du projet Geant4-DNA pour la modélisation des dommages précoces directs et indirects engendrés par les radiations ionisantes.
• Modélisation des géométries cellulaires réalistes basées sur l’imagerie confocale 3D
• Modélisation d’environnements radiatifs spécifiques (par ex. à bord de la Station Spatiale Internationale, à la surface de la planète Mars) pour le développement de biopuces destinées à la recherche de traces de vie dans le système solaire. Participation à des campagnes d’irradiation associées.
• Faisceaulogie à haut pouvoir de focalisation
• Pilotage du développement de la physique électromagnétique de basse énergie de Geant4.

• Développement des techniques de tomographie STIM et PIXE
• Procédures de visualisation et de traitement des données 3D
• Analyse quantitative 3D

Biologie

Franck GOBET est professeur à l’Université de Bordeaux. Ses domaines d’expertise concernent les interactions particules-matière et la physique statistique qu’il applique à des questions interdisciplinaires. Ses travaux de thèse, menés à l’Université de Lyon, ont porté sur la description de la fragmentation des agrégats moléculaires en termes de transition de phase d’un système de taille finie et sur des mesures de sections efficaces de processus de fragmentations de molécules d’intérêt biologique induits par collision atomique. À l’Université de Bordeaux, il a développé des sources de particules produites par l’interaction d’un laser à haute intensité avec la matière et a étudié les mécanismes et les taux d’excitation nucléaire dans les plasmas à l’équilibre thermodynamique local. En 2019, il a réalisé une mobilité thématique dans l’étude de la fragmentation de l’ADN en milieu aqueux.

Développement de l’outil Geant4 DNA